Für die Abfüllung in Flaschen wird dem Whisky entsprechend Wasser hinzugefügt, um eine gebräuchliche Trinkstärke herbeizuführen. Die gebräuchliche Trinkstärke liegt heutzutage zwischen 40 und 46%. Zunehmender Beliebtheit erfreuen sich unverdünnte Abfüllungen, die direkt in Fassstärke (cask strength) abgefüllt werden und dadurch intensiver und komplexer im Aroma sind. Die Lagerung erfolgt in unterschiedlich großen Fässern. Folgende Fasstypen finden in der Lagerung ihre Anwendung:
das meistverwendete schottische Hogshead (Inhalt: ca. 250 Liter)
das spanische Sherry Butt (Inhalt: ca. 500 Liter)
das amerikanische Barrel (Inhalt: ca. 200 Liter)
das Quarter (Inhalt: 45–80 Liter)
Und nicht zuletzt erhält der Whisky durch die Fassreifung auch seine Farbe, die im Laufe der Jahre in den Whisky übergeht. Besonders intensiv färben naturgemäß Portweinfässer den Whisky, der durch sie eine beinahe dunkelrote Farbe erhält und für einen außergewöhnlichen Genuss sorgt!
Im finalen Schritt entscheidet der Masterblender und wählt aus den Fässern der Brennerei einzelne oder auch mehrere Fässer zur Abfüllung aus. Bei der Abfüllung wird meist der Inhalt mehrerer Fässer miteinander verschnitten. Dieses geschieht, um eine möglichst konstante Qualität zu erreichen und um Unterschiede der einzelnen Fässer auszugleichen.
Die Fässer wurden, vorher für mindestens 3 Jahre, meistens aber deutlich länger gereift. Aus den „fertigen“ Fässern komponiert der Masterblender den finalen Malt Whisky. Auch ein sogenannter „Single Malt“ kommt in der Regel aus verschiedenen Fässern. Stammt der Whisky aus einem einzelnen Fass, spricht man von einer Single Cask Abfüllung.